2012年6月28日，昆明機場由昆明巫家壩國際機場整體搬遷至長水國際機場運營。11月11月，昆明市人民政府、民航云南安全監督管理局聯合確定昆明長水國際機場凈空保護區范圍為規劃4條跑道兩側10公里，跑道兩端各20公里圍合組成的矩形區域范圍。
2013年，旅客吞吐量2969萬人次，在中國機場旅客吞吐量中排名第7，在世界機場旅客吞吐量排名中，位列第55位。昆明機場日旅客吞吐量最高峰值為12.15萬人次。
2014年12月4日，昆明新機場建設工程榮獲中國土木工程建設領域最高獎——詹天佑獎。18日，昆明機場第一條洲際航線，昆明至巴黎航線將正式啟航。26日，昆明新機場建設工程榮獲“國家優質工程金質獎”。30日，昆明新機場航站樓工程榮獲“中國建設工程魯班獎”。2014年，昆明機場日航班起降架次最高峰值為840架次。
慶祝轉場三周年2015年4月，機場22號跑道二類盲降設備已正式啟用，海關總署批準中國東方航空經昆明長水國際機場中轉進、出境旅客試行“通程航班”中轉聯運業務，為中國第四個試行該模式的國際機場。10月，長水機場東西兩條跑道將實施雙跑道獨立試運行模式。11月，昆明長水國際機場獲得國家質檢總局正式批復，成為中國進境水果指定口岸。
2016年2月，經國務院批準，決定自2月18日起，將對包括昆明長水機場在內的19個機場、水陸口岸設置進境免稅店。5月，新建東區機坪已完成施工，使昆明機場對外正式公布的停機位數量（含組合機位）達到161個，位居中西部機場首位。8月13日，昆明機場航班單日起降突破1000架次大關，達到1011架次。這是自2012年轉場開航以來，航班單日起降歷史最高紀錄，標志著昆明機場成為繼北京首都、上海浦東和廣州白云機場之后，第4個航班單日起降突破1000架次的機場。12月13日，機場年旅客吞吐量突破4000萬人次。至此，昆明機場提前5年突破機場3800萬人次的設計容量，邁入4000萬人次機場的行列，是繼北京首都、上海浦東、廣州白云、成都雙流等機場之后，又一個邁入4000萬人次級的機場。
2020年7月20日，昆明市政府聯合云南滇中新區管理委員會、民航云南安全監督管理局正式公布《關于公布昆明長水國際機場凈空保護區的通告》，昆明長水國際機場凈空保護區范圍將由原來的1028平方公里擴增至1068平方公里，同時更新增加了凈空安全保護監督舉報電話。[2]
